Johanniterkommende: Im Bereich der heutigen Malteserkirche ist Mitte des 12. Jh. eine Niederlassung des Ritterlichen Ordens St. Johannis vom Spital zu Jerusalem (kurz: Johanniter) und damit des Großpriorats Böhmens entstanden. Die Kommende zählt zu den Ältesten nördlich der Alpen. Die Ordensgebäude befanden sich damals vor den Toren der Stadt und wurden vermutlich deshalb sehr wehrhaft angelegt. Davon zeugen noch heute die Türme der heutigen Malteserkirche, einem Nachfolgebau der ursprünglich romanischen Kirche. Der Orden betreute schon frühzeitig ein Hospital. An der Kirche befand sich nach alten Beschreibungen ein von außen zugänglicher Raum,
der offensichtlich für Pilger genutzt wurde. Von Prag aus sind zahlreiche Kommenden gegründet worden, darunter die in Český Dub, Zittau und Hirschfelde. Die Prager Kommende entwickelte sich im 17. Jh. zu einem autonomen Stadtviertel; zu ihr gehörten 58 Bürgerhäuser. Seit der Reformation, wo es zur Trennung in Malteser- und Johanniterorden kam, wird das Böhmische Großpriorat dem Malteserorden zugerechnet